يعد قطاع الفلاحة من القطاعات الرئيسية بجهة كلميم واد نون، حيث تبلغ المساحة الصالحة للزراعة أكثر من 191 ألف هكتار، مع تخصيص نسبة 45% منها لزراعة الحبوب اعتمادًا على فيضان وديان المنطقة. وتتميز الجهة بمساحات شاسعة من المراعي تصل إلى 3.5 مليون هكتار، مما يساهم في ازدهار تربية الماشية، إذ يضم القطيع الحيواني أكثر من 350 ألف رأس من الأغنام والماعز، و45 ألف رأس من الإبل.
وتعتبر الجهة موطنًا لواحات النخيل والزيتون الممتدة على مساحة 2500 هكتار، بالإضافة إلى غابات الأركان التي تغطي 127 ألف هكتار، مما يوفر فرص شغل خاصة للنساء في مجال تثمين منتجات الأركان. كما يتميز الصبار بكونه من الزراعات الرئيسية، رغم تأثره بالحشرة القرمزية، إلا أن الجهود المبذولة لإعادة غرس 26 ألف هكتار بصبار مقاوم، تؤكد على استمرارية هذا النشاط.
بفضل مخطط المغرب الأخضر، شهدت الجهة تطورًا ملحوظًا في المجال الفلاحي، حيث تم تجهيز 5300 هكتار بنظام الري بالتنقيط، مما ساهم في إنتاج الخضروات والفواكه. كما تجاوز الاستثمار الخاص في القطاع الفلاحي بين 2008 و2022 أكثر من 642 مليون درهم، ما يعكس جاذبية ومؤهلات الجهة الواعدة.